Wat is SeqNeth?
SeqNeth is het acroniem voor Sequencing Network Netherlands waarmee het netwerk wordt bedoeld van Nederlandse microbiologische laboratoria waar sequentie analyse wordt uitgevoerd ten behoeve van moleculaire surveillance en uitbraak onderzoek van pathogenen. SeqNeth is in opdracht van het ministerie voor Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS) opgericht begin 2021 in het kader van de COVID-19 pandemie.
Waarom sequentie analyse?
In het begin van de pandemie werd er gestart met sequentieanalyse van het genoom van SARS-CoV2 Doel hiervan was onder meer het verkrijgen van inzicht in nieuwe introducties, verspreiding van varianten, transmissieketens, het optreden van herinfecties of vaccin doorbraken en uitbraken in ziekenhuizen, verpleeghuizen en andere plaatsen in een gemeenschap. Sequentie analyse is breder toepasbaar dan alleen voor SARS-CoV2, en kan ook een belangrijke bijdrage leveren aan monitoring en uitbraakbestrijding van andere pathogenen. Recent voorbeeld hiervan is de MPX virus uitbraak onder MSM (mannen die seks hebben met mannen hebben). Maar sequentie analyse kan bijvoorbeeld ook gebruikt worden voor voorspelling van gevoeligheid van M. tuberculosis complex voor antibiotica, en heeft daarmee ook een rol in de infectieziekten diagnostiek en behandeling.
Waarom een netwerk?
Het doel van dit netwerk is het inrichten van een flexibele en opschaalbare organisatie die gezamenlijk en tijdig microbiologische sequentie data verzamelt en deelt ten behoeve van publieke gezondheid, patiëntenzorg en wetenschap. Het netwerk was belangrijk voor de bestrijding van SARS-CoV-2 maar kan in de toekomst ook relevant zijn bij andere ‘emerging infections’. Behalve delen van sequentie data is het ook de bedoeling dat binnen het netwerk kennis snel gedeeld kan worden om bijvoorbeeld typerings-assays aan te kunnen passen wanneer dat nodig is. Daarnaast is het netwerk uitermate geschikt voor regionale surveillance en het in kaart brengen van regionale uitbraken in instellingen, waarbij regionale laboratoria lokale GGD’s ondersteunen bij uitbraakbestrijding, maar data ook nationaal ter beschikking komen. Daarnaast verzorgt het netwerk trainingen om WGS capaciteit in Nederland te vergroten. Ambitie voor de toekomst is om samen met bestaande Nederlandse sequensnetwerken voor diverse pathogenen, één geïntegreerd netwerk voor sequentie analyse van micro-organismen te vormen.
